Когда вы запустите инструмент, он будет искать steamcmd.exe в это каталога, если это не удастся найти его, то файл будет скопирован в app dir. Так что если вы хотите начать с нуля просто запустить инструмент, в противном случае поместите его в каталог, который содержит steamcmd.exe